Patagonia ble grunnlagt av Yvon Chouinard, en dyktig fjellklatrer, i 1973. Før merket Patagonia vokste seg stort drev han bedriften Chouinard Equipment som fokuserte på klatreutstyr, sammen med Tom Frost. Innen 1970 hadde Chouinard Equipment blitt den største leverandøren av klatreutstyr i USA.
Patagonia har idag utvidet produktutvalget til å inkludere klær og utstyr for klatring, alpinisme, snowboarding, surfing, fluefiske, padling, løping og reise. På slutten av 2010-tallet ble Patagonia-fleecevester populære blant finansledere, og i 2019 kunngjorde Patagonia at distribusjonen av merkede produkter skulle rettes mot selskaper som er forpliktet til miljømessige, sosiale og styringsmessige initiativer.
Gjennom deres samarbeid med Fair Trade USA har Patagonia produsert Fair Trade-klær siden 2014. I dag er de stolte av å tilby flere stiler laget i Fair Trade-sertifiserte fabrikker enn noe annet klesmerke. Så langt har Patagonias Fair Trade-program påvirket over 85 000 arbeidere over hele verden.